واستثنى النظام من أحكامه: المحافظون، والسفراء، وأمين عام مجلس الأعيان، وأمين عام مجلس النواب، ومدير عام مكتب كل من رئيس الوزراء ورئيس مجلس الأعيان ورئيس مجلس النواب، وأمين سر مجلس الوزراء، وأمين عام رئاسة الوزراء.
وسمح النظام لمجلس الوزراء في حالات محددة التعيين على أي وظيفة قيادية بقرار منه بناء على تنسيب مباشرة من المرجع المختص.
وأكد النظام أن أحكامه غير سارية على الوظائف القيادية الشاغرة التي يتم تعبئتها عن طريق النقل في حال انطبقت على من يتم نقله المتطلبات الأساسية والكفايات الوظيفية الفنية المطلوبة للوظيفة المنقول إليها، وتجديد تعيين شاغل الوظيفة القيادية، والوظائف القيادية التي تم الاعلان عنها قبل سريان النظام.
